甲公司法人代表以书面形式授权其供销科长与乙公司签订购入A商品的合同。委托书规定：
（1）时间5月12日至6月12日；
（2）购入A商品1000件，每件单价不超过420元；
（3）可以选择保证方式。
供销科长5月20日与乙公司签订购销A商品合同如下：
（1）乙一次性向甲供货1200件，每件单价400元，供货时间为6月18日；
（2）甲公司于6月10日前向乙预付定金8万元，预付货款10万元，余款在收货后一次付清；
（3）任何一方违约均承担总标的10%的违约金。
乙公司就供货数量、价格和时间于5月25日向甲公司以传真方式确认，甲公司法人代表以传真件认可。6月5日甲公司将持有面值18万元的银行汇票背书转让给乙。18日乙公司发来全部货物，甲公司发现货物质量不符合合同要求，拒绝收货并拒绝支付余款。乙公司认为货物质量问题属于运输部门不负责任造成的，与本*公司无关，并要求甲公司支付余款，由此引起纠纷。经查证，甲公司向乙公司购货的原因是乙公司寄来的供应A商品的价目表和质量证明书。但乙公司并无短期生产1200件A商品的能力，为了做成该笔业务，只有委托丙公司加工生产，造成质量问题。

该纠纷依法应如何处理？