某医院由多幢大楼（门诊楼、急诊楼、住院楼和综合楼等）组成，安装公司承包了该医院的机电工程，机电工程内容有建筑给水排水、建筑电气、通风空调、智能化等工程。工程合同约定为固定总价5000万元，每幢大楼完工后立即进入竣工验收。工程的设备、材料均由业主指定品牌，由安装公司组织采购。在施工准备阶段安装公司项目部编制了施工组织设计、施工总进度计划、施工方案及设备、材料采购计划。
安装公司项目部进场开工后，因业主未预付工程款，造成材料不能及时到达施工现场，影响了工程的施工。项目部向业主发出要求预付工程款的通知。业主收到通知后仍不按要求预付，直到安装公司项目部停止施工，业主才向安装公司支付工程款。项目部收到工程款后，重新组织施工，施工中，因医院的负压空调和智能化控制采用了新技术，设计修改很多，项目部及时与业主和设计协调确认，使医院的机电工程按合同完工，其中门诊楼的机电工程单独竣工验收，并且投入运行。

在固定总价合同中，碰到设计修改时应如何结算工程价款？