案例分析题A市甲厂是某种饮料的商标注册人，在与B市乙厂签订的该商标使用许可合同中，特别约定乙厂使用甲厂商标的饮料全部使用甲厂的包装瓶，该包装瓶仅标注甲厂的名称和产地。该合同未报商标局备案即付诸履行。

该特别约定是否有效？为什么？