边检机关在入境检查时查获外国人持用被宣布作废的中国签证，如果当事人护照内没有其他有效中国签证，应当不准其入境并注销被宣布作废的签证；如果护照内有其他有效中国签证且无其他违法情形，注销被宣布作废签证后准予其入境；有其他违法违规情形的，应当依法依规处理。