阅读以下说明，针对项目的合同管理，根据要求回答下列问题。
[说明]
系统集成公司A于2009年1月中标某市政府B部门的信息系统集成项目。经过合同谈判，双方签订了建设合同，合同总金额为1150万元，建设内容包括：搭建政府办公网络平台，改造中心机房，并采购所需的软硬件设备。
A公司为了把项目做好，将中心机房的电力改造工程分包给专业施工单位C公司，并与其签订分包合同。
在项目实施了两个星期后，由于政府B部门为了更好地满足业务需求，决定将一个机房分拆为两个，因此需要增加部分网络交换设备。B参照原合同，委托A公司采购相同型号的网络交换设备，金额为127万元，双方签订了补充协议。
在机房电力改造施工过程中，由于C公司工作人员的失误，造成部分电力设备损毁，导致政府B部门两天无法正常办公，严重损害了政府B部门的社会形象，因此B部门就此施工事故向A公司提出索赔。

请指出A公司与政府B部门签订的补充协议有何不妥之处，并说明理由。